Après la défaite décisive de Nox Oscuras, la Paix semble être revenue dans l'Empire et les humains, les pokémons et les Dieux semblent pouvoir désormais coexister dans les conséquences de Murmelombre. La lumière de l'Aurore Millénaire plane toujours sur le monde et l'Empire... La secte noire et les Contestataires se révélaient être des pions pour des desseins bien plus grands.. Les dresseurs du monde entier continuent de parcourir les routes pour devenir des maîtres pokémons, mais de nouvelles épreuves attendent le monde. Idéalis et la Ligue parviendront-ils à déjouer les plans d'Ex Nihilo ?